外贸企业开展跨境电商B2B出口时，大多数企业都会选择与第三方物流公司合作。 但由于第三方物流公司服务能力的限制，出口企业在跨境物流过程中面临较大风险。 首先，跨境物流服务不佳造成进口商订单不满意的风险。 调查显示，不少进口商对订单不满意并不是因为产品质量问题，而是因为跨境物流效率低、服务差。 其实是物流公司对货物包装不合适、发货速度慢或者运输过程中的疏忽造成的。 货物损坏等类似情况时有发生，严重影响进口商对产品的体验，出口商面临失去客户的风险。 例如，在阿里巴巴国际站的商品评论页面上，出现了“对物流非常失望”的评论。 其次，跨境物流生态化程度低，造成产品拒收风险。 世界各国越来越重视低碳经济中对社会资源和自然环境的保护。 然而，目前我国B2B跨境物流发展水平还很低。 出口企业无法满足国外或进口国的要求，必须承担被拒绝的责任。 存在成交风险，特别是如果市场价格变化对买方不利。
2、跨境清关风险。
现有B2B出口报关模式下，海关、税务、银行、商检等相关部门与跨境电商B2B企业、跨境电商物流企业之间信息单向传递。 各部门无法共享信息，各国海关采用的通关程序、查验放行标准、征税依据等均不同，大大增加了海关监管难度，使得跨境电商B2B出口报关时间长，报关效率低，从而增加货物损失的风险。 。 例如，阿里巴巴的易大通平台无法共享国税出口退税数据、银行流水数据等信息，这可能会阻碍出口退税和结汇业务的顺利进行。 此外，大多数从事跨境电商B2B出口的中小企业往往过于依赖跨境平台提供的清关服务。 他们以为交了服务费就可以高枕无忧了。 他们没有合规声明意识。 实践中，由于平台提供的报关单等相关文件不符合要求，无法顺利清关。
3.应对贸易争端风险。
尤其是中小出口企业、跨境电商B2B出口业务，自身运营能力不强，业务运营高度依赖B2B平台，企业和产品参与国际认证较少。 许多出口企业品牌建设不足，自身知识产权保护不力。 因侵犯知识产权引发的贸易纠纷屡见不鲜。